原敬内閣で大正8年度から6年におよび進められた「高等教育機関拡張計画」において、滋賀県内にも官立学校が設置されることに。大津市、八幡町、彦根町の3市町で誘致合戦が繰り広げられ、文部大臣が高等商業学校の設置は彦根に決定し、1919年（大正8年）2月11日付『京都日出新聞』夕刊に掲載された。

1923年（大正12年）に彦根高等商業学校が開校した。入学者数は151人、就学年限は3年であった。

戦時下において、彦根高等商業学校は廃止されて「彦根経済専門学校」となり、工業専門学校に転換となる。

終戦後、経済専門学校に再転換され、工業専門学校は県に移管される（1947年11月1日付）。

経済学科、経営学科の二学科体制で開学。経営学科は1993年に企業経営学科に改編。

彦根高商調査課（1923年設置）を前身とする附属研究施設が経済研究所として活動を再開。1954年に日本経済文化研究所に、1975年には経済経営研究所に改編。

経済短期大学部は1993年度より滋賀大学経済学部夜間主コースに改組され、1996年に廃止。

1952年に経済研究所内に設置された博物館相当施設の史料館、日本経済文化研究所史料館を経て、附属史料館となる。

その後、1990年に情報管理学科に改編され、2017年にデータサイエンス学部の創設にともない学生募集を停止。

修士課程として経済学専攻、経営学専攻を設置。

1993年に会計情報学科に改編。

陵水会や企業の支援による経済学部創立80周年記念学術後援基金により開設が実現。
その後、2020年に経済経営研究所と統合し、「リスク研究部門」「先端研究部門」「未来社会研究部門」を擁する新たな教育研究拠点として再出発。